Krajowy System e-Faktur (KSeF) to centralny system teleinformatyczny służący do wystawiania, przesyłania i przechowywania faktur w postaci ustrukturyzowanej. Faktura, którą wystawia się w KSeF, ma jednolity format określony przepisami. Otrzymuje ona indywidualny numer identyfikujący w systemie, a KSeF uznaje ją za doręczoną nabywcy w momencie jej przyjęcia.
Od 1 lutego 2026 r. elektroniczne fakturowanie stanie się obowiązkowe dla dużych firm, które w 2024 r. osiągnęły sprzedaż powyżej 200 mln złotych. Pozostali podatnicy zostaną objęci obowiązkami KSeF od 1 kwietnia 2026 r. (Pewne wyłączenie dotyczy najmniejszych podatników, którzy dopiero od 1 stycznia 2027 r. zaczną obowiązkowo korzystać z systemu.). W praktyce oznacza to, że w relacjach B2B faktury powinny być wystawiane w KSeF. Faktury papierowe lub elektroniczne (np. PDF) co do zasady nie spełniają wymogów formalnych.
Na tym tle pojawia się jednak istotna wątpliwość praktyczna. Czy nabywca zachowuje prawo do odliczenia VAT? Czy może ująć wydatek w kosztach uzyskania przychodów na gruncie podatku dochodowego, jeśli kontrahent – mimo obowiązku – wystawi fakturę poza KSeF?
Faktura wystawiona poza KSeF a prawo do odliczenia VAT
Prawo do odliczenia podatku VAT opiera się na zasadzie neutralności i wynika z art. 86 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług („Ustawa VAT”). Kluczowe znaczenie ma faktyczne nabycie towarów lub usług oraz ich związek z działalnością opodatkowaną podatnika. Ustawa przewiduje również zamknięty katalog tzw. przesłanek negatywnych, które wyłączają prawo do odliczenia (art. 88 Ustawy VAT).
W katalogu tym nie została wymieniona sytuacja, w której faktura dokumentująca rzeczywistą transakcję została wystawiona poza KSeF, mimo istniejącego obowiązku korzystania z tego systemu. Oznacza to, że naruszenie przepisów dotyczących formy wystawienia faktury ma charakter formalny. Samo w sobie nie pozbawia nabywcy prawa do odliczenia VAT.
Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej jednoznacznie potwierdził to stanowisko w interpretacji indywidualnej z 2 lutego 2026 r. (sygn. 0112-KDIL1-3.4012.883.2025.1.AKR). Organ podatkowy stwierdził w niej m.in.:
„Wystawienie Faktur Zakupowych wbrew obowiązkowi bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur nie pozbawia Państwa prawa do odliczenia podatku naliczonego, gdyż nie stanowi to negatywnej przesłanki, uniemożliwiającej odliczenie tego podatku, wymienionej w art. 88 ustawy.”
Dyrektor KIS podkreślił jednocześnie, że o prawie do odliczenia decyduje to, czy faktura dokumentuje rzeczywiste nabycie towarów lub usług wykorzystywanych do czynności opodatkowanych. Nie decyduje natomiast sam sposób jej wystawienia czy udostępnienia nabywcy.
Z interpretacji wynika również, że przepisy nie nakładają na nabywcę obowiązku weryfikowania, czy wystawca faktury był faktycznie uprawniony do wystawienia jej poza KSeF (np. z uwagi na awarię systemu). Obowiązek prawidłowego zastosowania KSeF ciąży na wystawcy faktury. Ewentualne uchybienia w tym zakresie nie wpływają automatycznie na rozliczenia VAT po stronie nabywcy.
Faktura poza KSeF a koszty uzyskania przychodów w podatku CIT
Podobne wnioski można sformułować na gruncie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych („Ustawa CIT”). Zgodnie z ogólną zasadą wyrażoną w art. 15 Ustawy CIT, kosztem uzyskania przychodów jest wydatek poniesiony w celu osiągnięcia przychodów lub zachowania albo zabezpieczenia ich źródła, o ile nie został wyłączony z kosztów wprost w ustawie.
Przepisy Ustawy CIT nie uzależniają możliwości zaliczenia wydatku do kosztów podatkowych od tego, czy faktura została wystawiona w KSeF. Decydujące znaczenie ma faktyczne poniesienie wydatku oraz jego związek z działalnością gospodarczą podatnika. Jeżeli faktura wystawiona poza KSeF potwierdza rzeczywiste zdarzenie gospodarcze i pozwala na identyfikację stron oraz przedmiotu transakcji, może stanowić dowód poniesienia kosztu.
Obecna linia interpretacyjna organów podatkowych wskazuje, że uchybienia formalne dokumentów księgowych – o ile nie podważają realności transakcji – nie przekreślają prawa do rozpoznania kosztu uzyskania przychodów.
Dyrektor KIS wprost wskazuje, że jeżeli faktury wystawione i udostępnione poza KSeF będą spełniały wymogi dla faktury papierowej lub elektronicznej, a także będą zawierały wszystkie elementy wymagane dla tych dokumentów, przesłanki uznania wydatku za koszt uzyskania przychodu – na gruncie Ustawy CIT – zostaną spełnione. W takiej sytuacji możliwe będzie zaliczenie wydatku do kosztów uzyskania przychodów. Stanowisko takie zajął przykładowo Dyrektor KIS w interpretacji z 3 lutego 2026 r. (sygn. 0111-KDIB2-1.4010.529.2025.2.AG).
Powyższe podsumowanie ma charakter ogólny i dotyczy przepisów aktualnych na dzień publikacji artykułu. Jeśli masz pytania lub potrzebujesz wsparcia w konkretnej sprawie – skorzystaj z formularza kontaktowego.
